Pemilihan genetik untuk pembiakan tanaman (peningkatan kualiti/sifat tanaman) telah dilakukan sejak tahun 8000 SM ketika amalan pertanian bermula di Mesopotamia.[6] Secara konvensional, pembiakan tanaman dilakukan dengan menggunakan proses pemilihan dan persilangan tanaman.[7] Kedua-dua proses tersebut memakan masa yang cukup lama dan hasil yang diperoleh tidak menentu kerana bergantung kepada mutasi semulajadi secara rawak.[7] Contoh hasil pembiakan tanaman konvensional adalah durian montong yang mempunyai perbezaan sifat dengan leluhurnya, iaitu durian liar.[3] Hal ini disebabkan manusia telah menyilangkan atau mengahwinkan durian liar dengan kelainan lain untuk mendapatkan durian dengan sifat unggul seperti durian montong.[3]

Sejarah penemuan tanaman transgenik bermula pada tahun 1977 apabila bakteria Agrobacterium tumefaciens diketahui dapat memindahkan DNA atau gen yang dimilikinya ke dalam tanaman.[6] Pada tahun 1983, tanaman transgenik pertama, iaitu bunga matahari yang disisipi gen buncis (Phaseolus vulgaris) telah berjaya dibangunkan oleh manusia.[6][8] Sejak itu, pembangunan tanaman transgenik untuk keperluan komersial dan peningkatan tanaman terus dilakukan manusia.[9]Tanaman transgenik pertama yang berjaya dihasilkan dan dipasarkan adalah jagung dan soya.[9] Kedua-duanya dilancarkan pertama kali di Amerika Syarikat pada tahun 1996.[9] Pada tahun 2004, lebih daripada 80 juta hektar tanah pertanian di dunia telah ditanami dengan tanaman transgenik dan 56% soya di dunia merupakan soya transgenik.[7]